विश्वव्यापी खाद्य अभावलाई सम्बोधन गर्न र भेक्टर-जनित मानव रोगहरूसँग लड्न कीटनाशकहरूले महत्त्वपूर्ण भूमिका खेल्छन्। यद्यपि, कीटनाशक प्रतिरोधको बढ्दो समस्याको लागि तुरुन्तै कम प्रयोग गरिएका लक्ष्यहरूलाई लक्षित गर्ने नयाँ यौगिकहरूको खोजी आवश्यक छ। कीट क्षणिक रिसेप्टर क्षमता (TRPV) च्यानलहरू - नान्झोङ (नान) र निष्क्रिय (Iav) - ले हेटेरोलोगस च्यानलहरू (नान-Iav) बनाउन सक्छन् र कीराहरूमा जियोट्रोपिज्म, श्रवणशक्ति र प्रोप्रियोसेप्शन मध्यस्थता गर्ने मेकानोसेन्सरी अंगहरूमा स्थानीयकरण गर्न सक्छन्। केही कीटनाशकहरू, जस्तै एफिडोपाइरोलिडोन (AP), अज्ञात संयन्त्रहरू मार्फत नान-Iav लाई लक्षित गर्छन्। AP छेड्ने-चुस्ने कीराहरू (हेमिप्टेरन्स) विरुद्ध प्रभावकारी छ, फिलामेन्टहरूको कार्यमा बाधा पुर्याएर खुवाउनबाट रोक्छ। AP ले केवल नानमा बाँध्न सक्छ, तर केवल नान-Iav ले एगोनिस्टहरूसँग अन्तरक्रिया गर्न सक्छ, जसमा एन्डोजेनस निकोटिनमाइड (NAM) समावेश छ, जसले गर्दा च्यानल गतिविधि प्रदर्शन हुन्छ। कीटनाशक लक्ष्यको रूपमा नान-Iav को सम्भावनाको बावजुद, यसको च्यानल एसेम्बली, नियामक बाइन्डिङ साइटहरू, र Ca2+-निर्भर नियमनको बारेमा थोरै मात्र थाहा छ, जसले थप कीटनाशक विकासमा बाधा पुर्याउँछ। यस अध्ययनमा, क्रायो-इलेक्ट्रोन माइक्रोस्कोपी प्रयोग गरी हेमिप्टेरा कीराहरूमा क्याल्मोडुलिन-लिग्यान्ड-मुक्त अवस्थामा नान-इभको संरचना निर्धारण गरिएको थियो, साथै एन्किरिन रिपीट साइटोप्लाज्मिक डोमेन (ARD) को सीमामा AP र NAM सँग पनि। आश्चर्यजनक रूपमा, हामीले पत्ता लगायौं कि नान प्रोटीन आफैंले पेन्टामर बनाउन सक्छ, जुन AP-मध्यस्थता ARD अन्तरक्रियाहरूद्वारा स्थिर हुन्छ। यो अध्ययनले कीटनाशक र एगोनिस्टहरू र नान-इभ बीचको आणविक अन्तरक्रियाहरू प्रकट गर्दछ, च्यानल प्रकार्य र एसेम्बलीमा ARD को महत्त्वलाई हाइलाइट गर्दछ, र Ca2+ नियमनको संयन्त्रको अन्वेषण गर्दछ।
बढ्दो गम्भीर विश्वव्यापी जलवायु परिवर्तनको पृष्ठभूमिमा, बिग्रँदै गएको विश्वव्यापी खाद्य सुरक्षा २१ औं शताब्दीको प्रमुख चुनौतीहरू मध्ये एक हो, जसको परिणाम समाजमा व्यापक रूपमा देखा पर्नेछ।१,२विश्व स्वास्थ्य संगठनको विश्व खाद्य सुरक्षा र पोषणको अवस्था २०२३ (SOFI) प्रतिवेदनले अनुमान गरेको छ कि विश्वभर लगभग २.३३ अर्ब मानिसहरू मध्यमदेखि गम्भीर खाद्य असुरक्षाबाट ग्रस्त छन्, जुन एक लामो समयदेखिको समस्या हो।३.४दुर्भाग्यवश, अनुमानित २०% देखि ३०% वा सोभन्दा बढी बाली उत्पादन कीरा र रोगजनकहरूको कारणले वार्षिक रूपमा गुम्छ, र विश्वव्यापी तापक्रम वृद्धिले कीरा प्रतिरोध र बाली जोखिम बढाउने अपेक्षा गरिएको छ।४,५,६,७,८कीटनाशक विकास बालीहरूलाई कीराहरूबाट जोगाउन र भेक्टर-जनित रोगजनकहरूको फैलावट कम गर्न मात्र नभई डेंगु ज्वरो, मलेरिया र चागस रोग जस्ता भेक्टर-जनित मानव रोगहरूसँग लड्न पनि महत्त्वपूर्ण छ, जुन कीटनाशकहरूको प्रतिरोधी बढ्दै गइरहेको छ।५,९,१०,११
न्यूरोटोक्सिक कीटनाशकहरूको प्रमुख लक्ष्यहरू मध्ये, हेटेरोटेट्रामेरिक TRPV च्यानल नान्चुङ (नान)-निष्क्रिय (Iav) ले गत दशकमा मात्र पत्ता लगाइएका कीटनाशक लक्ष्यहरूको वर्गलाई प्रतिनिधित्व गर्दछ, जसमा इमिडाक्लोप्रिड र पाइराक्लोस्ट्रोबिन जस्ता व्यावसायिक रूपमा उपलब्ध कीटनाशकहरू समावेश छन्।१२,१३,१४अर्ध-कृत्रिम कीटनाशक एफिडोपायरोलिफेन (एपी) हालसालै विकसित र व्यावसायिक रूपमा बिक्री गरिएको उत्पादन हो जसको मुख्य घटक सक्रिय कीटनाशक इन्स्कालिस® हो, जसले एपीलाई सबन्यानोमोलर गतिविधि स्तरमा बाँध्छ।15AP ले परागकण, लाभदायक कीराहरू, र अन्य गैर-लक्षित जीवहरूको लागि कम तीव्र विषाक्तता प्रदर्शन गर्दछ, र लेबल निर्देशनहरू अनुसार प्रयोग गर्दा, यसले अन्य कीटनाशकहरूको प्रतिरोध दबाब कम गर्न सक्छ।१६,१७,१८नान र इभ कीरा प्रजातिहरूमा व्यापक रूपमा वितरित छन्, एन्टेना र अंगहरूको कोर्डल स्ट्रेच रिसेप्टर न्यूरोन्समा मात्र सह-अभिव्यक्त हुन्छन्, र श्रवण, गुरुत्वाकर्षण धारणा, र प्रोप्रियोसेप्शनको लागि महत्वपूर्ण छन्।१३,१६,१९,२०,२१,२२AP, imidacloprid, र pyraclostrobin ले एक अद्वितीय संयन्त्र मार्फत Nan-Iav कम्प्लेक्सलाई उत्तेजित गर्छ, अन्ततः प्रोप्रियोसेप्टिभ सिग्नल ट्रान्सडक्सनलाई रोक्छ।१३,१६,२३एफिड र सेतो झिंगा जस्ता छेड्ने-चुस्ने कीराहरू (हेमिप्टेरन) मा, प्रोप्रियोसेप्शनको कमीले तिनीहरूको खुवाउने क्षमतालाई कमजोर बनाउँछ, अन्ततः मृत्यु निम्त्याउँछ।१३,२४रोचक कुरा के छ भने, AP ले Nan-Iav कम्प्लेक्सको लागि उच्च आत्मीयता र Nan मात्रको लागि कम आत्मीयता प्रदर्शन गर्दछ। AP लाई Nan-Iav मा बाँध्दा विद्युतीय प्रवाह उत्पन्न हुन्छ, तर Nan मात्रसँग बाँध्दा च्यानल गतिविधिलाई उत्तेजित गर्दैन। Iav आफैंले AP मा बाँध्दैन।16यसले सुझाव दिन्छ कि Nan र Iav ले फरक Nan-Iav च्यानल कम्प्लेक्सहरू बनाउन बाँध्न सक्छन् (जस्तै, फरक स्टोइचियोमेट्रिक अनुपात वा एउटै स्टोइचियोमेट्रिक अनुपात भित्र फरक व्यवस्थाहरू सहित) वा AP धेरै साइटहरूमा बाँध्न सक्छ। यसबाहेक, प्राकृतिक एगोनिस्ट निकोटीनामाइड (NAM) ले माइक्रोमोलर आत्मीयताका साथ ड्रोसोफिला Nan-Iav मा बाँध्छ, जसले एफिडहरू (AP) इन भिट्रो जस्तै प्रभावहरू प्रदर्शन गर्दछ।१६,२५र एफिडको प्रजनन र खुवाउन रोक लगाउँछ, जसले गर्दा अन्ततः तिनीहरूको मृत्यु हुन्छ२५,२६। यी तथ्याङ्कहरूले धेरै प्रश्नहरू उठाउँछन्। उदाहरणका लागि, यो स्पष्ट छैन कि Nan-Iav हेटेरोडाइमर कसरी बनाइन्छ, कुन बाइन्डिङ साइटहरू साना अणुहरूलाई मोड्युलेट गर्न प्रयोग गरिन्छ, र यी साना अणुहरूले प्रोप्रियोसेप्शनलाई दबाएर च्यानल प्रकार्यलाई कसरी नियमन गर्छन्। यसबाहेक, Nan आफैं निष्क्रिय हुनु र AP को लागि कम आत्मीयता हुनुको कारणहरू, जबकि Nan-Iav हेटेरोडाइमर सक्रिय छ र AP लाई उच्च आत्मीयतासँग बाँध्छ, अस्पष्ट रहन्छ। अन्तमा, Nan-Iav प्रकार्यको Ca2+-निर्भर नियमन र यो कसरी न्यूरोनल सिग्नलिंग प्रक्रियाहरूमा एकीकृत हुन्छ भन्ने बारे थोरै थाहा छ।१३,२१
यस अध्ययनमा, क्रायो-इलेक्ट्रोन माइक्रोस्कोपी, इलेक्ट्रोफिजियोलोजी, र रेडियोलिग्यान्ड बाइन्डिङ प्रविधिहरू संयोजन गर्दै, हामीले नान-इभको एसेम्बली र साना अणु नियामकहरूसँग यसको बाइन्डिङको संयन्त्रलाई स्पष्ट पार्यौं। यसबाहेक, हामीले Iav र AP-स्थिर नान पेन्टामरहरूमा संवैधानिक रूपमा बाइन्ड गरिएको क्याल्मोडुलिन (CaM) पत्ता लगायौं। यी नतिजाहरूले च्यानलहरूमा क्याल्सियम आयनहरूको नियमन, च्यानल एसेम्बली, र लिगान्ड बाइन्डिङ आत्मीयता निर्धारण गर्ने कारकहरूमा महत्त्वपूर्ण अन्तर्दृष्टि प्रदान गर्दछ। अझ महत्त्वपूर्ण कुरा, हामीले पुष्टि गर्यौं कि ARD ले यी प्रक्रियाहरूमा केन्द्रीय भूमिका खेल्छ। सान्दर्भिक कृषि कीटनाशकहरूसँग बाँधिएको पूर्ण कीरा च्यानलहरूको हाम्रो अध्ययन२७, २८, २९यसले कीटनाशक उद्योगको विकासको सम्भावना खोल्छ, कीटनाशकहरूको प्रभावकारिता र विशिष्टतामा सुधार ल्याउँछ, र विश्वव्यापी खाद्य सुरक्षा र भेक्टर-जनित रोगहरूको फैलावटलाई सम्बोधन गर्न अन्य प्रजातिहरूमा TRPV-लक्षित यौगिकहरूको प्रयोगलाई सक्षम बनाउँछ।
हामीले यो पनि पायौं कि Nan-Iav Ca2+ द्वारा विनियमित छ, र नियमनको संयन्त्रलाई संवैधानिक रूपमा बाँधिएको CaM द्वारा मध्यस्थता गरिएको छ। महत्त्वपूर्ण कुरा, CaM द्वारा Nav को यो Ca2+-निर्भर नियमन अन्य आयन च्यानलहरू (जस्तै, भोल्टेज-गेटेड Na+ च्यानलहरू र TRPV5/6 च्यानलहरू) को नियमनको संयन्त्रहरू भन्दा उल्लेखनीय रूपमा फरक छ।५२,५३,५४,५५,५६,५७। Nav1.2 च्यानलमा, CaM को C-टर्मिनल डोमेनले C-टर्मिनल डोमेन (CTD) सँग हेलिक रूपमा सम्बद्ध हुन्छ, र Ca2+ ले यसको N-टर्मिनल डोमेनलाई CTD को टाढाको भागमा बाइन्डिङ गर्न प्रेरित गर्छ।56। TRPV5/6 च्यानलमा, CaM को C-टर्मिनल डोमेन CTH मा बाँधिन्छ, र Ca2+ ले यसको N-टर्मिनल डोमेनको माथिल्लो भागमा विस्तारलाई छिद्रहरूमा प्रेरित गर्छ, जसले गर्दा क्याशन पारगम्यता अवरुद्ध हुन्छ।५३,५४। हामी Nan-Iav-CaM को Ca2+-नियमित प्रकार्यको लागि एक मोडेल प्रस्ताव गर्दछौं (चित्र 4h)। यस मोडेलमा, CaM को N-टर्मिनल डोमेनले Iav को C-टर्मिनल डोमेन (CTH) मा संवैधानिक रूपमा बाँध्छ। आराम गर्ने अवस्थामा (कम [Ca2+] सांद्रता), CaM को C-टर्मिनल डोमेनले Nan सँग अन्तरक्रिया गर्छ, ARD कन्फर्मेसनलाई स्थिर बनाउँछ र यसरी च्यानल खोल्न प्रवर्द्धन गर्छ। च्यानलमा एगोनिस्ट/कीटनाशकको बन्धनले छिद्र खोल्न प्रेरित गर्छ, जसले Ca2+ प्रवाह निम्त्याउँछ। त्यसपछि Ca2+ CaM मा बाँधिन्छ, जसले Nan को ARD बाट C-टर्मिनल डोमेनको पृथक्करण निम्त्याउँछ। CaM बाइन्डिङलाई अवरुद्ध गर्नाले अनिवार्य रूपमा Ca2+ को निरोधात्मक प्रभावलाई समाप्त पार्छ, यो पृथक्करणले ARD गतिशीलतालाई मोड्युलेट गर्छ, जसले गर्दा Ca2+-निर्भर अवरोध वा डिसेन्सिटाइजेसन हुन्छ। क्याल्सियम आयन उत्सर्जन पछि च्यानल धाराहरूको द्रुत पुन: प्राप्तिले सुझाव दिन्छ कि यो संयन्त्रले Ca2+-मध्यस्थता न्यूरोनल संकेतहरूमा द्रुत प्रतिक्रियाहरूलाई सहज बनाउँछ। यसबाहेक, Iav को C-टर्मिनल क्षेत्र, जुन अझै पनि राम्रोसँग बुझिएको छैन, ले च्यानल लक्ष्यीकरण र हालको नियमनमा अन्य भूमिका खेल्ने रिपोर्ट गरिएको छ।21
अन्तमा, हाम्रो अध्ययनले कृषि महत्वको कीटनाशक-कीटनाशक TRP च्यानल जटिलको उच्च-रिजोल्युसन संरचना प्रस्तुत गर्दछ - जुन पहिले हामीलाई थाहा थिएन। उल्लेखनीय रूपमा, हामीले कीट कोषहरूमा भन्दा मानव कोषहरूमा (HEK293S GnTi–) कीट च्यानलको संरचना र कार्यलाई चित्रण गर्यौं। बढ्दो कीटनाशक प्रतिरोध र खाद्य सुरक्षा र रोगजनकहरूमा निरन्तर दबाबको सामना गर्दै, हाम्रो कामले महत्त्वपूर्ण जानकारी प्रदान गर्दछ जसले मानव स्वास्थ्य र विश्वव्यापी खाद्य सुरक्षाको फाइदाको लागि नयाँ कीटनाशकहरूको विकासलाई सहज बनाउनेछ। अध्ययनहरूले देखाएको छ कि AP जस्ता कीटनाशकहरू लेबल निर्देशनहरू अनुसार प्रयोग गर्दा केही कीटहरू विरुद्ध प्रभावकारी हुन्छन् र लाभदायक परागकणहरूको लागि कम तीव्र विषाक्तता हुन्छ, जसले तिनीहरूको वातावरणीय सुरक्षा प्रदर्शन गर्दछ।१३,१६यसबाहेक, लामखुट्टेमा केही AP डेरिभेटिभहरूको परीक्षणले देखाएको छ कि तिनीहरूले अन्ततः उड्ने क्षमता गुमाउँछन्। यी मोड्युलेटिंग यौगिकहरू Nan-Iav मा कसरी बाँधिन्छन् भनेर बुझ्नाले अवस्थित यौगिकहरूको परिमार्जन वा नयाँ यौगिकहरूको विकासलाई अझ प्रभावकारी रसटीककीट नियन्त्रण। हाम्रो अध्ययनले देखाउँछ कि Nan-Iav ARD इन्टरफेस केवल अन्तर्जात यौगिकहरू, कीटनाशकहरू, र Ca2+-CaM को गतिविधिलाई नियमन गर्नको लागि मात्र होइन, तर च्यानल एसेम्बलीको लागि पनि महत्त्वपूर्ण छ। हामी सुझाव दिन्छौं कि साना अणुहरूसँग हेटेरोडाइमर एसेम्बलीलाई बाधा पुर्याउनु आयन च्यानल अवरोधकहरू विकास गर्नको लागि एक अद्वितीय र आशाजनक दृष्टिकोण हुन सक्छ।
आठ अर्थोलोगस जीनहरू मध्ये, ब्राउन बीटल (ह्यालियोमोर्फा हेलिस) नान्चुङ र इनएक्टिभको पूर्ण-लम्बाइको जीनहरू चयन गरिएको थियो, जसले डिटर्जेन्टहरूमा उत्कृष्ट स्थिरता प्रदर्शन गर्यो। संश्लेषित जीनहरूलाई मानव अभिव्यक्तिको लागि कोडोन-अनुकूलित गरिएको थियो र XhoI र EcoRI प्रतिबन्ध साइटहरू प्रयोग गरेर pBacMam pCMV-DEST भेक्टर (लाइफ टेक्नोलोजीज) मा क्लोन गरिएको थियो। यसले सुनिश्चित गर्यो कि क्लोनहरू C-टर्मिनल GFP-FLAG-10xHis र mCherry-FLAG-10xHis ट्यागहरूसँग फ्रेममा थिए, जुन HRC-3C प्रोटीज (PPX) द्वारा क्लीभ गरिएको छ, जसले स्वतन्त्र रूपमा अनुमति दिन्छ।अभिव्यक्ति। pBacMam भेक्टरमा नान्चुङ र इनएक्टिभ क्लोन गर्न प्रयोग गरिएका प्राइमरहरू निम्नानुसार थिए:
K3 क्यामेरा र Gatan BioQuantum ऊर्जा फिल्टरले सुसज्जित Titan Krios G2 ट्रान्समिशन इलेक्ट्रोन माइक्रोस्कोप (FEI) मा व्यक्तिगत कणहरूको माइक्रोस्कोपिक छविहरू प्राप्त गरिएको थियो। माइक्रोस्कोप 300 keV मा संचालित थियो, 20 eV को ऊर्जा सेटिङ, 1.08 Å/पिक्सेलको नमूना पिक्सेल आकार (81,000x को नाममात्र म्याग्निफिकेसन), र -0.8 देखि -2.2 μm सम्मको डिफोकस ग्रेडियन्टको साथ। भिडियो रेकर्डिङ 25 e–px−1 s−1 को नाममात्र खुराक दर, 2.4 s को एक्सपोजर समय, र लगभग 60 e–Å−2 को कुल खुराकको साथ Latitude S माइक्रोस्कोप (Gatan) प्रयोग गरेर 40 फ्रेम प्रति सेकेन्डमा गरिएको थियो।
RELION 4.061 मा MotionCor2 प्रयोग गरेर फिल्ममा बीम-प्रेरित गति सुधार र खुराक भार निर्धारण गरिएको थियो। प्याच-आधारित CTF अनुमान विधि62 प्रयोग गरेर cryoSPARC मा कन्ट्रास्ट ट्रान्सफर प्रकार्य (CTF) प्यारामिटर अनुमान गरिएको थियो। CTF फिटिंग रिजोल्युसन ≥4 Å भएका फोटोमाइक्रोग्राफहरूलाई पछिल्ला विश्लेषणबाट बहिष्कृत गरिएको थियो। सामान्यतया, cryoSPARC मा बिन्दु चयनको लागि 500-1000 फोटोमाइक्रोग्राफहरूको उपसमूह प्रयोग गरिएको थियो, त्यसपछि टेम्प्लेट-आधारित कण चयनको लागि स्पष्ट सन्दर्भ छवि प्राप्त गर्न फिल्टरिङ पछि 2D वर्गीकरणको धेरै राउन्डहरू प्रयोग गरिएको थियो। त्यसपछि कणहरू 64-पिक्सेल बाउन्डिङ बक्सहरू र 4-फोल्ड बिनिङ प्रयोग गरेर निकालिएका थिए। अवांछित कण वर्गहरू हटाउन 2D वर्गीकरणका धेरै राउन्डहरू प्रदर्शन गरिएको थियो। प्रारम्भिक 3D मोडेललाई ab initio पुनर्निर्माण प्रयोग गरेर पुनर्निर्माण गरिएको थियो र cryoSPARC मा गैर-एकरूप परिष्करण प्रयोग गरेर परिष्कृत गरिएको थियो। ARD विषमतामा आधारित cryoSPARC वा RELION मा 3D वर्गीकरण गरिएको थियो। झिल्ली डोमेनहरूको कुनै महत्त्वपूर्ण विषमता अवलोकन गरिएको थिएन। कणहरूलाई C1 र C2 विधिहरू प्रयोग गरेर परिष्कृत गरिएको थियो; उच्च C2 रिजोल्युसन भएका कणहरूलाई C2 को सन्दर्भमा सममित मानिएको थियो र बायेसियन रिजोल्युसनको लागि RELION मा आयात गरिएको थियो। त्यसपछि कणहरूलाई अन्तिम गैर-समान र स्थानीय रिजोल्युसनको लागि क्रायोस्पार्कमा फिर्ता स्थानान्तरण गरिएको थियो। अन्तिम रिजोल्युसन र कण गणनाहरू तालिका १ मा देखाइएको छ।
Nan+AP पेन्टामरहरू प्रशोधन गर्दा, हामीले झिल्ली डोमेनहरू (विशेष गरी पोर क्षेत्र) को रिजोल्युसन सुधार गर्न विभिन्न विधिहरू खोज्यौं, जस्तै सिग्नल घटाउने र TMD मास्किङ। यद्यपि, यी प्रयासहरू पोर क्षेत्रमा सम्भावित चरम विकार र TMD को समग्र विषमताका कारण असफल भए। अन्तिम रिजोल्युसन क्रायोस्पार्कमा गैर-एकरूप प्रशोधन विधिद्वारा स्वचालित रूपमा उत्पन्न गरिएको मास्क प्रयोग गरेर गणना गरिएको थियो, मुख्यतया ARD क्षेत्रलाई लक्षित गर्दै। यसले झिल्ली डोमेनहरू (विशेष गरी VSLD क्षेत्र) भन्दा उल्लेखनीय रूपमा उच्च रिजोल्युसन प्राप्त गर्यो।
नान्चुङ र निष्क्रिय बगहरूको एपो रूपहरूको प्रारम्भिक डे नोभो मोडेलहरू पहिले Coot63 प्रयोग गरेर उत्पन्न गरिएको थियो, र नान र Iav बगहरूको मोडेलहरू कम-विश्वास क्षेत्रहरू पहिचान गर्न AlphaFold264 प्रयोग गरेर उत्पन्न गरिएको थियो। क्याल्मोडुलिन मोडेलिङ क्रमशः PDB एक्सेसियनहरू 4JPZ56 र 1CFD65 मा Ca2+-बाइन्डिङ र Ca2+-मुक्त मोडेलहरूको कठोर-शरीर फिटहरूमा आधारित थियो। सही स्टेरियोकेमिस्ट्री र राम्रो ज्यामिति सुनिश्चित गर्न मोडेलहरूलाई गोलाकार परिष्करण प्रयोग गरेर परिष्कृत गरिएको थियो। त्यसपछि फास्फेटिडाइलकोलिन, फास्फेटिडाइलथेनोलामाइन, र फास्फेटिडाइलसेरिनलाई राम्रोसँग परिभाषित लिपिड घनत्वको रूपमा मोडेल गरिएको थियो, र NAM र AP लिगान्डहरूलाई कडा जंक्शनहरूमा सम्बन्धित घनत्वहरूमा राखिएको थियो। PHENIX66 मा eLBOW प्रयोग गरेर आइसोफर्महरूको SMILES स्ट्रिङबाट अवरोध फाइलहरू उत्पन्न गरिएको थियो। अन्तमा, मोडेलहरूलाई PHENIX मा स्थानीय ग्रिड खोज र माध्यमिक संरचना अवरोधहरूको साथ विश्वव्यापी न्यूनीकरण प्रयोग गरेर वास्तविक ठाउँमा परिष्कृत गरिएको थियो। मोडेल परिष्करण र संरचनात्मक विश्लेषणको लागि MolProbity सर्भर प्रयोग गरिएको थियो, र PyMOL र UCSF Chimera X प्रयोग गरेर चित्रणहरू प्रदर्शन गरिएको थियो। 67,68,69 HOLE सर्भर प्रयोग गरेर एपर्चर विश्लेषण गरिएको थियो,70 र Consurf सर्भर प्रयोग गरेर अनुक्रम संरक्षण म्यापिङ गरिएको थियो।71
इगोर प्रो ६.२, एक्सेल अफिस ३६५, र ग्राफप्याड प्रिज्म ७.० प्रयोग गरेर तथ्याङ्कीय विश्लेषण गरिएको थियो। सबै मात्रात्मक डेटा औसत ± मानक त्रुटि (SEM) को रूपमा प्रस्तुत गरिएको छ। दुई समूहहरूको तुलना गर्न विद्यार्थीको t-परीक्षण (दुई-पुच्छर, जोडा नभएको) प्रयोग गरिएको थियो। धेरै समूहहरूको तुलना गर्न डनेटको पोस्ट हक परीक्षण पछि भिन्नताको एकतर्फी विश्लेषण (ANOVA) प्रयोग गरिएको थियो। *P< ०.०५, **पी< ०.०१, र ***P< ०.००१ लाई डेटा वितरणको आधारमा तथ्याङ्कीय रूपमा महत्त्वपूर्ण मानिएको थियो। Kd, Ki मानहरू, र तिनीहरूको असममित ९५% विश्वास अन्तरालहरू ग्राफप्याड प्रिज्म १० प्रयोग गरेर गणना गरिएको थियो।
अध्ययन पद्धतिको बारेमा थप विवरणहरूको लागि, कृपया यस लेखमा लिङ्क गरिएको प्रकृति पोर्टफोलियो रिपोर्ट सारांश हेर्नुहोस्।
प्रारम्भिक मोडेल PDB 4JPZ र 1CFD डाटाबेसबाट क्याल्मोडुलिन मोडेलहरू प्रयोग गरेर निर्माण गरिएको थियो। निर्देशांकहरू प्रोटिन डाटा बैंक (PDB) मा एक्सेसन नम्बरहरू 9NVN (लिगान्ड बिना Nan-Iav-CaM), 9NVO (निकोटिनमाइडमा बाँधिएको Nan-Iav-CaM), 9NVP (निकोटिनमाइड र EDTA मा बाँधिएको Nan-Iav-CaM), 9NVQ (एफेनिडोलपाइरोलिन र क्याल्सियममा बाँधिएको Nan-Iav-CaM), 9NVR (एफेनिडोलपाइरोलिन र EDTA मा बाँधिएको Nan-Iav-CaM), र 9NVS (एफेनिडोलपाइरोलिनमा बाँधिएको Nan पेन्टामर) अन्तर्गत जम्मा गरिएको छ। सम्बन्धित क्रायो-इलेक्ट्रोन माइक्रोस्कोपी छविहरू इलेक्ट्रोन माइक्रोस्कोपी डाटाबेस (EMDB) मा निम्न एक्सेसन नम्बरहरू अन्तर्गत जम्मा गरिएका छन्: EMD-49844 (लिगान्ड बिना Nan-Iav-CaM), EMD-49845 (निकोटिनमाइड सहित Nan-Iav-CaM जटिल), EMD-49846 (निकोटिनमाइड र EDTA सहित Nan-Iav-CaM जटिल), EMD-49847 (एफिडोपायरोलिन र क्याल्सियम सहित Nan-Iav-CaM जटिल), EMD-49848 (एफिडोपायरोलिन र EDTA सहित Nan-Iav-CaM जटिल), र EMD-49849 (एफिडोपायरोलिन सहित Nan पेन्टामर जटिल)। कार्यात्मक विश्लेषणको लागि कच्चा डेटा यस पत्रमा प्रस्तुत गरिएको छ।
पोस्ट समय: जनवरी-२८-२०२६